南京财经大学分三大校区，本部福建路校区，具体地址为铁路北街128号，主要以成教和自考生为主。

仙林校区位于仙林大学城，和南京师范大学和南京邮电大学是邻居，主要以本科生和研究生为主，现在主要的统招生基本都在仙林校区。镇江桥头校区是最后成立的校区，学校的三本院校，红山学院，在交通上最为不便利。