长江大学武汉校区和主校区的区别主要在以下几个方面：

1. 地理位置：长江大学主校区位于湖北省荆州市，而武汉校区则位于湖北省武汉市洪山区。

由于地理位置的不同，两个校区的气候、交通、文化等方面也有所不同。

2. 学科设置：长江大学主校区是全校的主校区，拥有更加完善的学科设置和教学资源，包括工、理、管、文、法、教育等多个学院。而武汉校区则相对较小，主要以经济管理、文法学院为主。

3. 师资力量：长江大学主校区的师资力量相对较强，拥有一批高水平的教授、博士生导师和优秀的青年教师。武汉校区的师资力量相对较弱，但也有一些优秀的教师和研究团队。

4. 教学质量：由于长江大学主校区的规模较大，教学资源较为丰富，因此教学质量相对较高。武汉校区则相对较小，教学资源有限，但也在不断提升教学质量。总的来说，长江大学主校区和武汉校区在地理位置、学科设置、师资力量和教学质量等方面存在一定的差别，但两个校区都是长江大学的重要组成部分，都为学生提供了优质的教育资源和学术环境。