初中生物档案应包括以下几个部分：

1. 学生基本信息：姓名、性别、出生日期、班级等。

2. 学习目标：了解生物学的基本概念，掌握生物体结构与功能的关系，理解生物进化和生态平衡的重要性。

3. 课程概述：介绍初中生物课程的主要内容，如细胞学、遗传学、生态学等。

4. 成绩记录：记录学生在各单元测试、期中考试、期末考试中的成绩，以及实验操作、课堂表现等其他相关评价。

5. 课外活动：记录学生参加的相关生物学科竞赛、科学实验、实地考察等活动情况。

6. 教师评语：教师对学生的学习态度、学习方法、进步空间等方面的评价和建议。

7. 自我反思：学生对自己在生物学科的学习过程中的收获、困惑及改进措施的总结。通过以上几个方面的详细记录，可以全面反映一个初中生在生物学科的学习历程和成长轨迹。