1999年初中毕业证的版本是第三版。

1.根据目前了解到的信息，1999年是第三版初中毕业证实施的年份，而非其他的版本。

2.初中毕业证的历史版本是从1979年实施的第一版、1985年实施的第二版、1999年实施的第三版、2004年实施的第四版、2018年实施的第五版。因此，1999年初中毕业证的版本应当是第三版。