两者区别在于来源不同。

卵母细胞是原始性生殖细胞，在有性生殖生物中，通过卵母细胞减数分裂形成卵细胞和极体。胚胎是由卵细胞和精细胞通过受精作用形成受精卵，受精卵通过分裂和分化依次形成桑椹胚、囊胚、原肠胚、幼体，最后形成成熟的胚胎。