东南大学四牌楼校区位于南京市玄武区四牌楼2号，九龙湖校区位于南京市江宁区东南大学路2号，丁家桥校区位于南京市鼓楼区湖南路丁家桥87号，苏州校区位于苏州市苏州工业园区林泉街399号，无锡分校位于无锡市新吴区菱湖大道99号。

东南大学创建于1902年的三江师范学堂。1921年以南京高等师范学校为基础建立国立东南大学，下设工科，其后工科又经历国立第四中山大学工学院、国立中央大学工学院、国立南京大学工学院等历史时期。1952年全国院系调整，以原南京大学工学院为主体，并入复旦大学、交通大学、浙江大学、金陵大学等学校的有关系科，在中央大学本部原址建立南京工学院；1988年5月，学校复更名为东南大学；2000年4月，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入，组建新的东南大学。