1935年9月，由西班牙天主教耶稣会创设安徽私立内思高级工校。

1938年9月，更名为芜湖市私立内思中学，在抗日战争中停办。1945年，学校复校。1946年2月，更名为芜湖市私立内思工业职业学校。1949年4月，更名为皖南区芜湖市私立内思工业职业学校。1951年2月，芜湖市立高级职业学校（工科）并入学校，更名为皖南区芜湖工业学校。1952年10月，芜湖市工业职工学校安庆高级工业职业学校机械部分并入学校，成立安徽省芜湖工业职业学校，隶属原安徽省工业厅领导。1955年10月，更名为芜湖电力学校。1958年8月，学校机械科分出与安徽行政学院合并成立安徽工业专科学校（后更名为安徽工学院）；支持建立合肥化工学校、淮南化工学校。1959年3月，更名为芜湖电机制造学校。1960年7月，更名为芜湖电机制造专科学校，招收工业企业电器装备专业专科1个班。1961年8月，大专班并入安徽工学院，学校更名为芜湖电机制造学校。9月，合肥无线电学校、芜湖地区当涂化校1个班并入学校。1962年7月，学校改属原第一机械工业部领导，更名为一机部芜湖电机制造学校。9月，航校部分学生并入学校。校史1966年，因“文化大革命”停止招生。1969年3月，学校下放给芜湖市，隶属原芜湖市机械电子工业局领导。11月，学校改办为东方红电机厂，并附设电机制造学校。1971年，恢复招收中专生。1972年9月，东方红电机厂附属电机制造学校更名为芜湖机械学校。1973年7月，东方红电机厂重新改为芜湖电机制造学校，隶属原安徽省机械厅领导。1977年，作为合肥工业大学教学点，开始招收全日制本科生。安徽工程大学安徽机电学院1978年12月，经国务院批准升格为全日制普通本科高等学校，更名为安徽机电学院。1984年5月19 日，经国家经委批准成立中国标准化管理干部学院，隶属原国家标准局领导，与安徽机电学院联合办学，统一领导，共同承担二年制干部专修科和单科短期培训任务、短期单科培训任务、组织标准化教学和科研活动，从1985年始招收攻读标准化学科的大学专修科和双学士本科生。1986年，安徽机电学院迁至赭山东路。

6月，安徽省人民政府决定在原址恢复芜湖机械学校（2003年6月，更名为安徽机电职业技术学院）。1996年，安徽机电学院通过原国家教委本科教学合格评价。

2001年12月，更名为安徽工程科技学院。

2007年底，在教育部本科教学工作水平评估中，获得优秀等级。安徽工程大学安徽工程大学2010年3月，更名为安徽工程大学。

2013年1月，入选国家级大学生创新创业训练计划项目。

2014年7月，被教育部评为全国毕业生就业典型经验高校。