从两种细胞器的起源来看，有内共生假说。

以线粒体为例：线粒体体来源于被原始的前真核生物吞噬的好氧性细菌；这种细菌和前真核生物共生，在长期的共生过程中演化成了线粒体。所以线粒体和叶绿体维持了原来原核细胞的结构，存在核酸和核糖体。