日本留学粮农在职的证明可以通过以下步骤来办理：

开具收入及纳税证明 ：

前往户籍所在地村委会开具收入及纳税证明。证明内容应包括养殖作物或家禽牲畜、年收入、以及是否已经免除农业税等信息。

证明需要包含村委会的座机号码（带区号）、村长的手机号，并由村长手写签字或盖人名章。

准备其他相关文件 ：

如果父母是个体户，可能需要提供个体工商户营业执照复印件等材料。

如果父母没有固定工作单位，可以仅提供村委会开具的收入证明，注明收入来源和金额。

注意证明格式 ：

证明格式应与其他公司开具的证明类似，但需备注从2006年起国家已经取消农业税。

证明中应包含在职者的基本信息，如姓名、性别、出生日期或身份证号、入职年月、所在部门、职务等，并表述至今在职。

及时沟通与确认 ：

在开具证明之前，及时与当地代办机构或工商管理部门沟通，确认所需的具体材料和格式要求。

有些地区可能要求证明日期在三月之内，或有其他特定要求，因此务必提前确认。

提交申请 ：

将所有准备好的文件提交给申请签证的领事馆或相关机构。确保所有文件的真实性和完整性，以避免因材料问题导致签证申请被拒。

通过以上步骤，可以顺利完成日本留学粮农在职的证明办理。建议在办理过程中与当地相关部门或专业机构保持沟通，以确保所有文件符合要求。