河南工程学院优于南阳理工。

原因是河南工程学院是一所省属重点大学，有着较高的学术水平和综合实力，在国家和省级大学排名中均有不错的成绩。而南阳理工则是一所普通本科院校，虽然也有一些特色专业，但整体实力比较一般。