真核生物三类启动子分别起始RNA聚合酶I、II、III的转录。

类别I启动子包括核心启动子和上游控制元件两部分，需要UBF1和SL1因子参与作用。类别II启动子包括四类控制元件:基本启动子、起始子、上游元件和应答元件。识别这些元件的反式作用因子有通用转录因子、上游转录因子和可诱导的转录因子。类别III启动子有两类:上游启动子和基因内启动子，分别由装配因子和起始因子促进转录起始复合物的形成和转录。