南通大学晚归的后果主要取决于学校的宿舍管理条例和具体执行情况。虽然存在一些关于晚归可能导致的处罚措施，如扣分、警告、写检查、取消奖励或入党资格等，但这些通常不会记入学生的档案。

具体到南通大学，晚归的学生可能会面临以下几种后果：

院系可能会对晚归的学生进行统计，并由辅导员或领导进行教育和提醒。

在某些情况下，学校可能会对晚归行为进行通报，以警示其他学生。

晚归可能会影响学生参与某些学校组织的活动或享受的某些福利。

然而，需要注意的是，这些处罚措施通常不会对学生的学业和未来的职业生涯产生长期影响，也不会记入个人档案。此外，对于因特殊情况（如做实验、生病等）晚归的学生，学校可能会考虑其具体情况给予一定的理解和宽容。

建议

学生应严格遵守学校的宿舍管理条例，合理安排时间，避免晚归。

如果确实因特殊情况需要晚归，建议提前向辅导员或宿舍管理人员请假，并按照学校规定办理相关手续。

学生应理解学校的严格管理是为了保障学生的安全和纪律，通过遵守规定，可以养成良好的作息习惯和时间管理能力。