商铺双证合一指的是将房屋所有权证和不动产权证合并为一张证书，这个过程也被称为不动产权证书颁发。

办理流程如下：填写申请表。准备好相关材料，包括原不动产权证、房产证明、身份证、税务登记证等，以及填写好的申请表。提交申请材料。将所有申请材料一并提交到当地的不动产登记中心或房地产交易中心。进行审核。当地的不动产登记中心或房地产交易中心会对提交的材料进行审核，并进行现场核验。缴纳相关费用。根据当地的规定，需要缴纳相关的不动产登记费用。领取新证。审核通过后，可以到不动产登记中心或房地产交易中心领取新的不动产权证书。需要注意的是，不同地区的具体办理流程和所需材料可能会有所不同，建议您先了解当地的相关规定并咨询相关部门或律师。