余杭区辖14个街道：临平、东湖、南苑、星桥、五常、乔司、运河、崇贤、仁和、良渚、闲林、余杭、仓前、中泰和16个镇：塘栖、径山、瓶窑、黄湖、鸬鸟、百丈。

区政府驻临平街道。临平副城由临平·东湖街道、南苑、星桥、余杭经济开发区、钱江经济开发区、运河、乔司、塘栖、崇贤组成，副城面积283.66平方公里。另有余杭组团（余杭、中泰、闲林、仓前、五常）、良渚组团（良渚、仁和）、瓶窑组团（瓶窑、径山、黄湖、百丈、鸬鸟）3个组团式城镇（街道）。