南京办理首套房退税时需要经过如下流程：１、南京首套房的退税申请书，即退房人要求退契税的申请报告书。

２、南京退房人与开发公司签订的退房书面协议（要盖手印或者盖章）。３、南京退房人已经收到退房款的收款证明并盖手印。 ４、南京退房人已交契税税票的原件和契税申报表的原件。５、南京开发公司要求退房人办理退期房契税的报告。６、由南京市房管局商化办办理已作废的售房合同原件。 ７、南京房屋权属档案（纸质）查询结果（近日）原件。８、南京土地证房产证房屋买卖协议原件６份以及双方身份证原件及复印件（备注：复印件４份）。９、经审核批准后，南京退房人退税时需要带身份证、领取退契税的收据（本人盖手印）取款