要解决无人深空生物飞船的长时间问题，可以采取以下措施。

首先，优化飞船的能源系统，使用高效的太阳能电池板或核能源，以提供持久的能源供应。其次，采用先进的休眠技术，将飞船进入休眠模式，降低能源消耗和系统磨损。此外，可以利用自我修复材料和机器人技术，确保飞船在长时间航行中能够自行修复和维护。最后，进行有效的任务规划和资源管理，确保飞船在长时间航行中能够有效地利用资源，延长飞行时间。