三峡大学目前共有21个院系，分别为水利与环境学院、土木与建筑学院、机械与动力学院、材料与化工学院、电气与新能源学院、计算机与信息学院、经济与管理学院、医学院、文学与传媒学院、田家炳教育学院、马克思主义学院、法学与公共管理学院、理学院、生物与制药学院、艺术学院、体育学院、外国语学院、国际文化交流学院、民族学院、大学生素质教育中心（创新创业教育学院）、科技学院。