南通大学四个校区分别是启秀校区，钟秀校区，啬园校区和启东校区。

其中，啬园校区是南通大学的休闲区，文学院，理学院，电气工程学院，体育科学学院等主要院系都在啬园校区。钟秀校区主要是艺术院系，比如音乐专业。启秀校区主要是医学院。启东校区主要是独立学院即杏林学院。