答：主要区别是来源动植物不同。

第一，水蛭素是来源蚂蝗的提取物，也是凝血酶天然特异抑制剂；第二，而纳豆激酶是纳豆枯草杆菌在发酵过程中产生的一种丝氨酸蛋白酶。水蛭素是水蛭及其唾液腺中已提取出多种活性成分中活性最显著并且研究得最多的一种成分, 它是由65-66个氨基酸组成的小分子多肽。