内蒙古大学共有三个校区：北校区：呼和浩特市赛罕区大学西街235号南校区：呼和浩特市玉泉区昭君路24号满洲里校区：满洲里市华埠大街1号北校区位于大学路，这里高校集中，内蒙古农业大学，内蒙古师范大学都位于此。

北校区是最早的校区。南校区和满洲里校区是学校发展需要，扩大办学规模而建立。三个校区基本位于城市中心，交通便利。