东南大学有4个校区，分别是四牌楼校区、丁家桥校区、九龙湖校区、无锡分校。

1.四牌楼；校区地址：南京的中心玄武区四牌楼2号。该校区为研究生教育、本科生高年级教育、继续教育(除医学学科外)和科学技术研究基地。

2.丁家桥；校区地址：鼓楼区丁家桥。该校区为医学学科教育科研基地和东南大学附属中大医院所在地。

3.九龙湖校区；校区地址：江宁经济技术开发区南部。九龙湖校区建筑规划以东南大学的历史文脉为依据，采取公共核心教学组团与专业教学族群组团相结合的校园建筑形态九龙湖校区已建有教学区、科研实验区、行政区、本科生生活区、研究生生活区、教师生活区、后勤保卫区等。

4.无锡分校；校区地址：无锡太湖国际科技园区内。以培养电子信息领域内的高层次人才为目标。