PCR扩增的引物分上下游引物（或Sense primer, anti-sense primer), PCR 所扩增的片段就是上下游引物在DNA链上所截取的片段。

上游引物与模板5‘端序列相同，下游引物与模板3’端序列反向互补。一般引物序列长度为18~25碱基。primer5 来设计。两引物共同确定PCR扩增的产物的大小及位置。