目前已知的有软件学院、微电子学院、网安学院、民航学院、航海学院（海洋学院）、材料学院（清洁与可再生能源学院）、管理学院（商学院和国际设计学院）会部分入驻太仓校区，此外还有长三角研究院。

校区根据建设世界一流大学战略部署，建设民用航空学院、柔性电子学院、商学院等10个学院以及3研究中心、1部、1培训中心，设置飞行器适航技术、飞行器环境与生命保障工程等17个本科专业、20个左右硕士学位授权点、10个博士学位授权点，同时建设国家重点实验室1个、国防科技重点实验室1个、江苏省重点实验室10个。