上海海关学院由原上海海关高等专科学校升格而来，直属于中华人民共和国海关总署，是全国唯一一所系统设置海关类课程和专业的本科院校。

中国海关高等教育已有近百年历史，1908年清政府在北京建立税务学堂（后更名为税务专门学校，并迁址上海），该学堂是世界上最早从事海关高等专业教育的学校之一。新中国成立后，1953年上海海关学校设立；1980年经国务院批准，升格为上海海关专科学校；1996年更名为上海海关高等专科学校。 2007年3月，教育部批准在上海海关高等专科学校的基础上设立上海海关学院。