病原体是指能引起疾病的微生物和寄生虫的统称，微生物占绝大多数，包括细菌、病毒、衣原体、支原体、立克次体、螺旋体和真菌。

寄生虫主要有原虫和蠕虫，病原体属于寄生性生物，所寄生的自然宿主为动植物和人，能感染人的微生物超过四百种，有些在人体免疫功能正常的条件下并不引起疾病，有些甚至对人体有益，如肠道菌群可以合成多种维生素，这些菌群的存在还可抑制某些致病性较强的细菌繁殖，因而这些微生物被称为正常菌群。