经济体制改革是全面深化改革的重点，其核心问题是处理好政府和市场的关系，使市场在资源配置中起决定性作用以及更好的发挥政府的作用。市场决定资源配置是市场经济的一般规律，健全社会主义市场经济体制必须遵循这条规律。
1、推进转变推动经济结构的调整，促进全面可持续发展
健全国有资本有进有退、合理流动机制，加快推进国有大型企业公司制股份制改革。落实鼓励引导民间投资的政策措施，制定公开透明的市场准入标准和支持政策，出台中小企业服务体系建设指导意见。深化资源性产品价格和环保收费改革，稳步推进电价改革，完善成品油、天然气价格形成机制。深化财税金融体制改革，健全财力与事权相匹配的财税体制和县级基本财力保障机制，扩大资源税改革实施范围，在部分生产性服务业领域推行增值税改革试点。调整完善房地产相关税收政策。推进利率市场化改革，加快培育农村新型金融机构。深化涉外经济体制改革，建立健全境外投资风险防控机制。
2、深化社会领域改革，保障和改善民生
深化收入分配和社会保障制度改革，研究制定收入分配改革方案，稳步推行工资集体协商制度。推进城镇居民养老保险试点和事业单位养老保险制度改革试点，扩大新农保试点范围，加快推进住房保障体系建设。推进国家基本公共服务体系建设，改革基本公共服务提供方式。积极稳妥推进户籍管理制度改革。推进科技、教育、医药卫生体制改革。
3、深化行政体制改革，加强廉政建设
深化行政审批制度改革，加强行政问责制度建设。分类推进事业单位改革。大力推进财政预算公开。制定出台机关运行经费管理、公务接待和会议、公务用车制度等改革方案。开展省直接管理县(市)试点。
4、深化农村改革，完善体制机制
完善农村土地承包关系长久不变的政策和实施办法，建立耕地保护补偿机制。改革农村征地制度。推进国有农场、林场管理体制改革。完善水资源管理体制，积极推进水价改革。