中科院的办公厅在北京市，其共有12个分院，分别坐落于北京、沈阳、长春、上海、南京、武汉、广州、成都、昆明、西安、兰州和乌鲁木齐，各个分院分别承担不同的科研任务。中科院是我国自然科学研究的最高学术机构，承担共和国的重大科研任务，以国家富强、人民幸福为奋斗目标。
一、北京分院
北京分院是中国科学院机关的派出机构，于2005年3月1日成立，负责联系和管理中国科学院在北京、天津、山西的研究院所工作，负责各单位领导班子建设、科研成果转移转化，以及党建、纪检、监察、审计和相关事务管理工作，并协调院与北京市有关部门的对口联系，承担院委托的其他工作。
二、沈阳分院
该院负责联络和协调中国科学院在辽宁省和山东省的研究所。沈阳分院的前身是1952年成立的中国科学院东北分院，负责管理中国科学院驻东北的工业化学研究所等8个科研单位。沈阳分院系统现有7个法人研究所：在辽宁省的大连化学物理研究所、金属研究所、沈阳应用生态研究所、沈阳自动化研究所，在山东省的海洋研究所、青岛生物能源与过程研究所、烟台海岸带研究所。
三、长春分院
长春分院系统现有应用光学国家重点实验室、高分子物理与化学国家重点实验室、激光与物质相互作用国家重点实验室、发光学及应用国家重点实验室、电分析化学国家重点实验室、稀土资源利用国家重点实验室等6个国家重点实验室。该院主要负责联络和协调中国科学院在吉林省和黑龙江省的研究所工作。
四、上海分院
上海分院系统现有19家机构，上海分院各研究所学科领域广泛，在优势研究领域有着长期的积累。该院凝聚和培养了一大批优秀的科技创新人才，现有一支13718人的科研、管理和支撑队伍，其中专业技术人员9761人，所占比例71.15%，其中高级研究人员4087人。