原因有几个：
第一，琼州海峡深度太大，平均深度40米吧，记不准了，最深的地方一百多米，这个要修桥，得多粗的桥墩？在海里还不会跟海带一样，随波舞动！
第二、琼州海峡水上交通繁忙，大桥修建会影响东西交通，安全性也会大大下降。
第三、琼州海峡多台风风暴，恶劣天气多，这样的天气，你敢在大桥上行车么？太危险了。这就造成使用率通行率并不高。
第四、琼州海峡地区雷电多，雷州半岛嘛，行驶在大桥上，更容易被雷电击中，导致危险，所以说，即便是建好了大桥，也会经常关闭，起不到通行的作用。
第五、战争时期，一颗导弹就可能将琼州海峡大桥炸断，军事安全性太低。
第六、琼州海峡大桥建设成本高，周期长，难度大。建大桥的代价比建海底隧道造价更高，工期更长，用处更小，不划算，不经济。