监理工程师在处理材料延迟交付违约金时，应遵循以下标准：
违约金的计算方法：
从迟交的第一周到第四周，每周迟延交付违约金为迟交合同设备价格的0.5%。
从迟交的第五周到第八周，每周迟延交付违约金为迟交合同设备价格的1%。
从迟交的第九周起，每周迟延交付违约金为迟交合同设备价格的1.5%。
迟延交付违约金的总额不得超过合同价格的10%。
迟延交付违约金的支付不能免除卖方继续交付相关合同设备的义务1。
违约金的调整：
如果约定的违约金低于造成的实际损失，受损方可以向法院或仲裁机构请求增加违约金数额。
如果约定的违约金过高，违约方也可以请求适当减少2。
特殊情况下的调整：
若损失较大，违约金可适当上调但不得超过实际损失30%的上限3。
法律依据：
根据《中华人民共和国民法典》第五百八十四条和第五百八十五条的规定，违约金的支付应根据违约情况确定，且不得超过违约一方订立合同时预见到的可能造成的损失2。
综上所述，监理工程师在处理材料延迟交付违约金时，应确保违约金的计算和支付符合合同约定和相关法律法规的规定，同时考虑实际情况和公平原则，确保赔偿合理有效地满足受害方的权益。