在处理工程欠款纠纷，是需要根据法律所允许的手段来处理的，而一般来说最能解决好的，是通过法院诉讼或者仲裁等方式来处理最好。
一、工程欠款纠纷怎么处理
1、对业主逾期付款及时主张权利或保存证据。
2、充分利用建筑合同有效性问题来确保工程款回收。
3、合理合法顺延公司促使工程款支付。
4、工程垫资应当做好约定确保合法化。
5、处理好政府工程的审计报告价格与合同价格矛盾。
二、建设工程中承包商索赔成立的必备条件
1、与合同相比较，已经造成了实际的额外支出或工期损失；
2、费用增加或工期损失的原因，不是由于承包商的过失造成的；
3、按照合同约定造成的费用增加或工期损失不是应当由承包商承担的风险；
4、承包商在索赔事件发生后的规定时间内提出了索赔的书面意向通知。
三、建设工程中承包商索赔的起因分类
按照承包商索赔的目的，可以分为两种索赔：工期索赔和经济索赔。
工期索赔：是指承包商向业主要求合理顺延合同工期。合理顺延工期可以使承包商免予承担逾期竣工的违约责任。
经济索赔：也称费用索赔，是指承包商要求业主补偿不应该由承包商自己承担的经济损失或额外费用。