由于建设工程规模较大，建设工程结算中涉及的资金金额往往不是一笔小数目，发生建设工程结算纠纷后，我们需要尽快处理纠纷，尽量减少损失。那么发生建设工程结算纠纷如何处理？
一、工程结算纠纷处理流程
（一）结算资料的送交
工程部负责收集，整理，符合要求的结算资料，包括：竣工图，工程量现场签证，招标文件，施工承包合同，补充协议，会议纪要，隐蔽工程现场签证，竣工验收报告，工程质量保修书等与办理结算相关的全部资料，并将上述资料汇总。承包单位相关责任人应对结算书签字确认，加盖单位公章。上述送交预算部，资料必须至少具备一套完整的原件，并且具备各单位相关责任人的签字，结算书格式应符合公司统一格式，其中工程量签证必须具备项目总监及工程部现场管理人员和部门主管签认，同时须具备承包单位责任人签认。工程部必须将结算资料及时完整送交预算部，并且作好资料清单交接书面纪录，由相关负责人签字确认。除预算部要求补充结算资料外，事后无论由何方送交的结算资料一律不予接受。
（二）结算资料审核及结算准备
预算部将结算资料交由相关成本控制人员进行资料符合性审核，针对资料的完整性，真实性，合理性，合法性进行详尽认真的审核，对于不符合要求，需要进一步补充的结算资料，通知工程部在要求的时间内整改，补充。预算部根据经符合性审核后的结算资料，收集相关审核依据资料。
（三）结算审核，复核
预算部专业审核人员根据完整的，符合要求的结算资料进行结算审核工作，任何部门及人员不得以任何理由无理干涉结算审核工作，以免影响结算审核的客观真实性，公正性，合法性与合理性，在结算审核过程中，根据结算审核工作需要由相关部门，人员，进行配合的，相关部门，人员应积极配合，不得以任何理由拒绝，推诿，否则承担相应责任。
结算经过初审后，进行全面，详细复核，调整，使结算符合客观事实，做到真实，精确，科学合理，公正合法。
（四）通知工程部联系承包单位对经审核的结算书进行复核，确认
预算部以书面形式下达结算审核通知书，以明确结算审核工作中各相关单位的义务，责任，以免在办理结算审核过程中出现纠纷，扯皮。通知工程部在规定的时间内联系承包单位到预算部对审核后的结算书进行复核确认，承包单位应在预算部规定的时间内将预算部审核完毕的结算复核完毕，并提出复核意见，承包单位未经预算部同意，不得以任何理由拖延，阻挠，中断双方的结算核对工作，预算部有权按照双方所签订的合同中结算条款中的相关规定执行，由此产生的一切后果由责任方承担。承包单位应在预算部规定的时间内完成工作，否则停止办理结算工作，后果由责任人承担。
预算部与承包单位进行结算审核的过程中，双方应以客观事实为依据，重证据，以科学，公正的态度进行核对，相互尊重，理解。不得以无理，蛮横的态度对待对方，更不得以谩骂，恐吓的方式对待对方，若出现上述事件，应立即停止办理结算工作至少一年，并通知公司主管领导，待事件作出妥善处理后，恢复结算复核工作。
（五）结算争议的解决
在与承包单位进行结算复核的过程中，如果双方就争议无法达成一致意见，先由预算部行使解决工程造价纠纷的管理职能，牵头组织工程部，承包单位，及其他相关部门进行共同协商解决，力求能够达成一致意见，如若仍然不能协商一致，则按照双方签订的合同中关于解决争议的条款执行．
（六）结算书的审批
只有当预算部与承包单位将结算书中的内容达成一致后，预算部审核人员方可在结算书封面上签字，同时必须经承包单位相关责任人签字认可后，送交预算部主管领导审批并签署意见．，加盖预算部单位公章．。预算部将结算书及相关资料原件存档。
（七）结算的内部审计
预算部将经各方签字，盖章完备的结算书以及相关的结算资料转交相关部门，由相关部门完成内部审计职能，如果在内部审计过程中出现承包单位与相关部门就结算内容发生争议，则应由相关部门提交预算部，由预算部履行公司解决工程造价纠纷的职能，牵头，组织相关各方进行协商解决，协商不成，则按照合同中关于解决争议的条款执行．，并拿出最终解决意见。
（八）办理工程款支付
公司财务部在办理工程款（工程预付款，工程进度款，工程竣工结算款，工程质量保修金等等）支付时，必须依据经相关部门与承包单位达成一致后的工程结算价款，并经预算部最终确认的工程款支付凭证才能作为办理工程款支付的依据。不符合上述要求，公司财务部一律不予办理工程款支付，违反该规定后果由责任人自负。