工程审计是指有资质审计的机构依照国家的规定对正在施工的工程项目进行审核检查的行为，在审查以后需要判断工程是否合法以及合理，所以工程审计对于建设工程而言十分的重要，在建设工程审计中也会出现一些纠纷，那么建设工程审计纠纷如何处理呢？
一、建设工程审计纠纷如何处理
1、合同当事人可以选择的纠纷解决方式：和解、调解、仲裁、诉讼
2、审计活动当事人可以采取的纠纷解决途径：首先确认审计活动中各方的行政法主体资格;在行政法制监督关系中，被审计单位是行政主体，可得的救济权利和救济方式是申请行政复议;行政机关以外的金融机构、企事业单位作为被审计单位，是行政相对人，救济方式是行政复议或行政诉讼。
二、建设工程审计的种类
工程审计包括两大类型：工程造价审计和竣工财务决算审计。造价审计一般是对单项、单位工程的造价进行审核，其审计过程与乙方的决算编制过程基本相同，即按照工程量套定额。这由造价工程师完成。
对于建设单位来说，由于造价审计只是审核单项、单位工程的合同造价，一个建设项目的总的支出是由很多单项、单位工程组成的，而且还有很多支出比如前期开发费用、工程管理杂费等是不需要造价审计的，所以还要有一个竣工财务决算审计，就是将造价工程师审定的，和未经造价工程师审核的所有支出加在一起，审查其是否有不合理支出，是否有挤占建设成本和计划外建设项目的现象等，来确定一个建设项目的总的造价。这由注册会计师完成。
三、工程审计时应注意的问题
1、注意招投标是否合规。建设项目招投标情况审计是审计的源头，只要从源头开始规范，才能有利于公司施工管理。工程项目招投标审计的内容主要有：①审查工程项目招投标程序是否按公司规定、是否合规、合法，其过程是否按照公开、公平、公正”的原则进行。②审查有无应实行招投标的项目而未招投标，有无为了逃避招投标或钻招投标方式的空子，采取直接确定或形式招标确定施工、安装单位。③审查附属工程、零星工程是否经过招投标。④审查中标单位是否具备相应的资质，有无施工企业因自身资质较低或无资质，采取挂靠或使用其他单位资质投标的情况。
2、注意工程预算是否超标。检查工程结算总额是否超过预算总额，预算变更及调整是否经有权限有领导审批；单项工程预算编制是否真实、准确，包括工程量计算是否符合规定的计算规则，是否准确；分项工程预算定额选套是否合规，选用是否恰当。
3、注意签证手续是否齐全。检查签证单是否有业主驻工地代表、承包商、监理工程师的签字盖章。签证在签字过程中模仿笔迹、变相复印、其他人代笔等多种形式。检查签证有无双方单位盖章，印章是否伪造，复印件与原件是否一致等是审核的重要内容。
4.注意工程量的是否相符。要审核工程量时，特别注意是对于工程量的签证，审核时必须到现场逐项丈量、计算，逐笔核实。特别是对装饰工程和附属工程的隐蔽部分应作为审核的重点。因为这两部分往往没有图纸或者图纸不很规范，而现场勘察又比较困难。对破坏性的审核也不能大多。
5、注意设备价格、质材的检查。在对设备或材料进行审计时应注意合同价格的合理性，材料与质量是否与合同约定相一致，并将审查合同设备清单及财务结算发票相结合，对工程所需的设备，要看采购合同清单，如果属于业主直接采购的设备，要注意设备采购的运杂费、保管费的支付情况，应审查合同内容是否包括安装费、调试费及附件、配件等。