根据教育部公布的全国双一流大学名单可知：新疆医科大学不是双一流大学。截至目前，双一流大学共评选了2轮，首批建设高校为140所，最新第二轮建设高校为147所，新疆有2所大学入选，但是没有新疆医科大学，所以新疆医科大学不是双一流大学。
双一流建设即建设世界一流大学和世界一流学科，是中国高等教育领域继211工程、985工程之后的又一重要国家战略，有利于提升中国高等教育综合实力和国际竞争力。目前985工程、211工程等重点大学建设项目已经统筹为双一流建设，点击这里查看全国147所双一流大学名单及建设学科
| 序号 | 学校名称 | 所在地 | 建设学科 |
| 1 | 新疆大学 | 乌鲁木齐 | 马克思主义理论、化学、计算机科学与技术 |
| 2 | 石河子大学 | 石河子 | 化学工程与技术 |
新疆医科大学（Xinjiang Medical University）位于新疆乌鲁木齐，是新疆唯一一所独立建制的医学院校，为省部委共建高校、卓越医生教育培养计划项目试点高校、中国政府奖学金来华留学生接收院校、自治区首批来疆留学高校示范基地。
学校前身为新疆医学院和新疆中医学院，两校分别始建于1954年和1946年；1998年6月，新疆医学院与新疆中医学院合并成立新疆医科大学。