新疆双一流大学排名第一的是新疆大学，排名第二的是石河子大学，以下是具体排名情况，供大家参考。
1、::新疆大学::
新疆大学（Xinjiang University），简称“新大”，位于新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐，是世界一流大学建设高校、全国重点大学、国家“211工程”重点建设高校、国家西部大开发重点建设高校、中西部高校基础能力建设工程高校、中国政府奖学金来华留学生接收院校、国家建设高水平大学公派研究生项目高校、”卓越工程师教育培养计划“高校、”卓越法律人才教育培养计划“高校、教育部与新疆维吾尔自治区人民政府合作共建高校、中西部“一省一校”国家重点建设大学(Z14)联盟成员、中国—中亚国家大学联盟发起高校、全国深化创新创业教育改革示范高校。
新疆大学前身是创办于1924年的新疆俄文法政专门学校。1935年1月改建为新疆学院，1960年10月1日，正式成立新疆大学，1978年被国务院确定为新疆唯一的全国重点大学，1997年被列入国家“211工程”，2000年被确定为国家西部大开发重点建设高校。2000年12月30日，新疆大学与原新疆工学院合并组建新的新疆大学。2004年，学校成为新疆维吾尔自治区人民政府、教育部“区部共建”高校。2017年6月，新疆大学被教育部列入国家“双一流”建设战略布局中42所“世界一流大学”建设之列。2018年，列入“部省合作共建高校”序列。
2、::石河子大学::
石河子大学（Shihezi University），简称“石大”，位于新疆石河子市，由教育部和新疆生产建设兵团共建，是国家“世界一流学科建设高校”、部省合作共建高校、国家“211工程”重点建设高校、国家“中西部高校综合实力提升工程”和“中西部高校基础能力建设工程”高校，入选国家“2011计划”、卓越医生教育培养计划、卓越工程师教育培养计划、卓越农林人才教育培养计划、国家建设高水平大学公派研究生项目、国家大学生创新性实验计划、国家级大学生创新创业训练计划、全国深化创新创业教育改革示范高校、中国政府奖学金来华留学生接收院校、国家大学生文化素质教育基地，国家西部重点建设十四所高校之一，为中西部高校联盟成员。
石河子大学历史渊源可追溯至1949年中国人民解放军第一野战军创建的第一兵团卫生学校。1996年经教育部批准，隶属农业部的原石河子医学院、石河子农学院、兵团师范专科学校、兵团经济专科学校合并组建石河子大学，所属划归新疆生产建设兵团。