1、建筑学
建筑学是东南大学历史最悠久，举世瞩目的一个王牌专业，东南大学的建筑系，是我国成立最早的建筑系，国内建筑方面的国家级重点学科，东大占据了30%以上。
2、生物医学工程
这个专业是东南大学依托传统优势学科去发展交叉学科与边缘学科的一次成功的创新，也是东南大学获评A+类的5个学科之一，5个国家级重点学科之一，从“中国最好学科排名”来看，东南大学的生物医学工程，实力排在全国前三。
3、土木工程
东南大学土木工程，同样是获评了A+学科的专业，在上一轮教育部专业评估中排名第二，仅次于同济。
4、交通运输专业
国家一级重点学科，第三轮、第四轮全国学科评估中的评估结果为A+学科，多次蝉联第一，也是属于东南大学的金字招牌，科研实力非常厉害，东南大学以高速公路起家，在交通、土木方面的专业底蕴很足。
好的专业有，艺术学理论，建筑学，土木工程，生物医学工程，交通运输工程，电子科学与技术等专业，这些专业实力在国内高校中属一流水平。
东南大学的纺织服装专业比较好。东南大学位于上海，原为中国纺织大学，开设42个本科专业，最好的专业是纺织服装专业。
东南大学计算机科学学科排名世界第7位（国内高校第2位），进入全球前万分之一，标志着该学科迈入世界顶尖水平行列。至此，东大已有2个学科进入ESI全球前万分之一，4个学科进入全球前千分之一，14个学科进入全球前百分之一。
据悉，这是自2020年9月工程学学科进入全球前万分之一后，东大在推进中国特色一流大学和优势学科建设中的又一重要突破。
此次新晋全球前万分之一的计算机科学学科领域涉及信息科学与工程学院、数学学院、自动化学院、计算机科学与工程学院、经济管理学院等多个学院及相关单位的一级学科。