新疆农业大学亚新校区和本部校区在地理位置、专业设置、办学层次等方面存在一些区别。
1. 地理位置：亚新校区位于乌鲁木齐市沙区西山新镇聚安路888号，距离乌鲁木齐市中心约25公里。而本部校区则位于乌鲁木齐市农大东路311号。
2. 专业设置：亚新校区主要承担部分本科专业的教学任务，其中动物科学学院和动物医学院的所有本科专业都在该校区。此外，亚新校区还有部分研究生和留学生在此学习。而本部校区则拥有更多的本科专业和研究生专业，是学校的主要教学区域。
3. 办学层次：亚新校区主要面向本科生教育，同时也承担部分研究生和留学生的教学任务。而本部校区则同时承担本科、研究生和留学生教育等多种层次的教学任务。
总的来说，新疆农业大学亚新校区和本部校区在办学定位、专业设置和办学层次等方面存在一些差异，但都是新疆农业大学的重要组成部分。