菏泽医学专科学校有临床医学系、护理系、药学与检验系、口腔医学系、医学技术系、健康管理系、中医药系等院系，以下是具体名单一览表，供大家参考，如有变动，以学校最新公布的信息为准。
1、院系设置临床医学系
护理系
药学与检验系
基础医学部
思想政治理论教学部
口腔医学系
医学技术系
健康管理系
中医药系
公共教学部
2、菏泽医学专科学校简介菏泽医学专科学校（Heze Medical College）位于中国牡丹之都——山东省菏泽市，是一所由山东省人民政府举办的省属公办全日制普通高等专科学校。
菏泽医学专科学校的前身是1950年经国务院批准建立的平原省卫生学校；1958年，更名为菏泽地区医学专科学校，后又历经山东省菏泽地区卫生学校、山东省菏泽地区医学专科学校、山东省菏泽地区卫生学校等办学时期；1978年经国务院批准，更名为菏泽医学专科学校。