根据2022年的排名数据，新疆维吾尔自治区内大学排名如下：
新疆大学 - 全国排名第108名，是新疆最好的大学，属于中国高水平大学。
石河子大学 - 全国排名第167名，属于区域一流大学。
新疆农业大学 - 全国排名第176名，属于区域一流大学。
新疆医科大学 - 全国排名第181名，属于区域一流大学。
新疆师范大学 - 全国排名第216名，属于区域一流大学。
塔里木大学 - 全国排名第256名，属于区域高水平大学。
新疆财经大学 - 全国排名第281名，属于区域一流大学。
伊犁师范大学 - 全国排名第384名，属于区域知名大学。
新疆工程学院 - 全国排名第389名，属于区域知名大学。
喀什大学 - 全国排名第427名，属于区域知名大学。
此外，新疆还有多所独立学院和高职院校，如新疆财经大学商务学院、新疆农业职业技术学院等。
以上排名数据来源于多个权威机构，包括校友会等。