根据最新的排名信息，赣州市最好的大学排名如下：
江西理工大学：在2025年校友会赣州市大学排名中位居第一，全国排名第137名。该校以工为主，理工结合，学科特色鲜明，拥有多个国家和省级一流专业。
赣南师范大学：在2025年校友会赣州市大学排名中位居第二，全国排名第245名。该校以教师教育为特色，多学科协调发展，师资力量雄厚。
赣南医科大学：在2025年校友会赣州市大学排名中位居第三，全国排名第459名。该校以医学为优势，注重医学教育与医疗卫生服务的紧密结合。
此外，赣南科技学院和赣南师范大学科技学院分别位列第四和第五。
以上排名基于2025年校友会中国大学排名，供您参考。