很难说哪所三本院校最好，因为这需要根据具体的专业和学科来进行评判。原因：每个学校对不同的学科和专业的教学质量都不同，即使在同一所学校，不同的专业也可能存在教学资源和师资力量上的差异，故无法简单地给出一个通用的评价。如果您想选择所在的院校，可以根据所学专业的擅长领域及教学质量来进行选择。此外，还可以根据个人的其他因素进行选择，如地理位置、毕业去向、校友资源等。最终选择需要根据自身情况和需要来做出决定。
东南大学成贤学院和南京大学金陵学院。
工科成贤较好，文科金陵较强。目前东南大学成贤学院是纳入本科二批招生专业最多的，考生分数线也连续三年在民办高校居第一，
南京大学金陵学院最好
是经国家教育部批准由南京大学申办的,并成立的本科层次的独立学院。 主要有东南大学成贤学院、南京邮电大学通达学院、南京师范大学中北学院、南京航空航天大学金城学院、中国传媒大学南广学院、金陵科技学院龙蟠学院。