南京航空航天大学创建于1952年10月，是新中国自己创办的第一批航空高等院校之一。 1978年被国务院确定为全国重点大学；1981年经国务院批准成为全国首批具有博士学位授予权的高校；1996年进入国家“211工程”建设；2000年经教育部批准设立研究生院；2011年，成为“985工程优势学科创新平台”重点建设高校；2017年，进入国家“双一流”建设序列，现有航空宇航科学与技术、力学、控制科学与工程共三个学科入选“双一流学科”建设名单。
南京航空航天大学的前身是创建于1949年的国立南京特种设备工业专科学校，1952年更名为南京航空学院。
50年代末至60年代初，随着国防技术的迅速发展，南京航空学院成为培养军用航空人才的重要院校之一。
1988年，学校改为现名。