学校在理学、工学、农学、医学、管理学、哲学、教育学、文学、经济学等学科门类的众多领域具有明显的学科优势。中国科学院有一流的科研设施和良好的学习环境，大多数科研设备在国际上都是先进的，其中不少在国内是独一无二的。遍布各地的研究生培养单位拥有3个国家实验室、88个国家重点实验室、143个中国科学院重点实验室、12个国家工程研究中心、18个国家工程技术研究中心，并设有100多个博士后科研流动站。
中国科学院研究生院学位授予的专业分布在哲学、经济学、教育学、文学、理学、工学、农学、医学、管理学等九个学科门类。
中国科学院研究生院在理学的数学、物理、化学、天文学、地学、生物学，以及工学的力学、材料、能源、电子信息、自动控制、计算机科学技术、生物工程等专业领域具有明显的学科优势。