复旦大学最好的专业，实在是太多了。
2017年的第四轮学科评估，复旦大学的哲学、理论经济学、政治学、中国史、数学都是全国第一（得分A+），其他比较好的还有马克思主义理论、中国语言文学、新闻传播学、物理学、化学、工商管理、临床医学、基础医学（以上得分都是A）、应用经济学、社会学、外国语言文学、生物学、生态学、电子科学与技术、公共卫生与预防医学、公共管理、药学、中西医结合（以上得分都是A-）
复旦大数学专业实力最强，在全国排名仅次于北京大学。在复旦大学众多专业中还有很多国内一流专业。比如哲学，政治学，理论经济学等专业。
复旦大学在理学、人文社科、医学、管理学等方面的实力位居全国高校前列，综合实力非常强大。复旦大学最好的四个王牌专业是数学、新闻传播学、临床医学、经济学。
传统地来说，新闻学和生物科学在国内首屈一指，可以与北大清华一争高下。数学仅次于北大，列全国第二。物理学和化学也是全国前列。
经管类的专业，如经济，金融，工商管理等一直是非常吃香的。