水利工程是河海大学最王牌的专业了，并且河海大学前身是华东水利学院，后将南京大学水利系、交通大学水利系、同济大学土木系水利组、浙江大学土木系水利组并入，实力强劲，第四轮学科评估中，和清华大学并排A+。
其次，土木工程是国家一级重点（培育）学科、江苏省一级重点学科、江苏省优势学科建设工程学科，所以它的土木工程专业学科实力是有的，在最新一轮学科评估结果显示，河海大学的土木工程学科实力被评为A-，同档次的还有天津大学、中南大学等高校，它土木工程的学科实力甚至超过了好几所“建筑老八校”成员校。
有水文与水资源工程、水利水电工程、港口航道与海岸工程、土木工程、环境工程、计算机科学与技术、电气工程及其自动化等。
河海大学是以水利为特色，工科为优势，多学科协调发展的重点大学，是国家“双一流”建设高校，国家“211工程”重点建设、“985工程优势学科创新平台”建设以及设立研究生院的高校