重庆工商大学于2002年1月18日建立，由原渝州大学和原重庆商学院合并组建而成。
原渝州大学的前身是西南军政委员会于1952年批准成立的重庆机电工业学校，于1978更名为渝州大学，1984年经批准成为重庆市市属全日制普通高等学校。原重庆商学院的前身是1963年成立的重庆市财贸干部学校，1987年更名为重庆商学院。
2002年1月，渝州大学与重庆商学院合并组建重庆工商大学。
2006年4月，学校入选第二批“国家大学生文化素质教育基地"。同年，学校在教育部本科教学工作水平评估中获得优秀。
2011年5月，重庆金融学院成立，设在重庆工商大学财政金融学院