不一定。三本院校是指我国普通本科高等院校中较为基础和普及的一类，拥有独立法人资格，按照国家法律法规和高等教育部及其所属部门的规章制度，实行中央和地方共建、以本科教育为主，具有一定的科学研究和人才培养能力的高等教育机构。而民办院校，简单说就是由个人、企事业单位及其组织和社会团体创办，以经济利益为目的的高等教育机构。
因此，三本院校和民办院校并非同一个概念，三本院校中有公办院校和民办院校，而民办院校中也有一些大学是具有本科教育资格、被教育部认可的。
三本院校现在很多，有民办院校，也是公办院校，并不是一刀切的说三本院校就是民办院校，再说现在也有好多非常好的民办院校。